Με βάση την Ελληνική και Διεθνή Νομοθεσία (93/43/ΕΟΚ και ΚΥΑ 487/ΦΕΚ 1219/2000), καθώς επίσης και τις σχετικές Οδηγίες Υγιεινής του ΕΦΕΤ, οποιαδήποτε επιχείρηση υγειονομικής σημασίας καλείται πριν από την έναρξη της λειτουργίας της, να συνάψει συνεργασία με μία αδειοδοτημένη εταιρεία απεντομώσεων από το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων. Το πρόγραμμα απεντόμωσης/μυοκτονίας καταρτίζεται από το επιστημονικό προσωπικό της Απολυμαντική Χανίων και περιλαμβάνει ένα συνδυασμό προληπτικών και κατασταλτικών μεθόδων ελέγχου παρασίτων. Στο πρόγραμμα θα πρέπει να ορίζονται οι εργασίες που θα γίνονται και η συχνότητα εφαρμογής τους.
Ο Φάκελος Απεντόμωσης/Μυοκτονίας περιλαμβάνει μια πλειάδα εγγράφων/βεβαιώσεων, τα οποία αποδεικνύουν ότι η επιχείρηση που τον κατέχει συνεργάζεται με μία αδειοδοτημένη εταιρεία Απεντομώσεων από το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, και ακολουθεί και εφαρμόζει ένα Πρόγραμμα Απεντόμωσης/Μυοκτονίας.
Ο Φάκελος Απεντόμωσης/Μυοκτονίας σε κάθε επίσκεψη του συνεργείου της Απολυμαντικής Χανίων ενημερώνεται με νέα δεδομένα. Αυτά είναι τα πιστοποιητικά των εφαρμογών απεντόμωσης/μυοκτονίας και οι εκθέσεις πεπραγμένων όπου αναγράφονται οι πραγματοποιηθείσες δράσεις και τα όποια συμπεράσματα και προτάσεις. Οι εκθέσεις αυτές περιλαμβάνουν την καταγραφή των αποτελεσμάτων ελέγχου των αριθμημένων σημείων ελέγχου. Με τον τρόπο αυτό, μέσω του φακέλου ελέγχου παρασίτων, πιστοποιείται και ελέγχεται η αποτελεσματικότητα των επεμβάσεων.
Η Απολυμαντική Χανίων αναλαμβάνει την ευθύνη ενημέρωσης του φακέλου απεντόμωσης/μυοκτονίας όπου καταγράφονται και πιστοποιούνται όλες οι δράσεις και τα αποτελέσματα των εφαρμογών.
Κάθε επαγγελματικός χώρος τροφίμων που διαθέτει τον Φάκελο Απεντόμωσης/Μυοκτονίας πιστοποιείται αυτόματα ότι ακολουθεί πλήρες πρόγραμμα παρασιτολογικού ελέγχου γεγονός που αποτελεί υπαρκτό τεκμήριο απέναντι σε οποιοδήποτε ελεγκτικό φορέα (Υγειονομικό, ΕΦΕΤ, κα) καθώς και σε οποιονδήποτε ενδιαφερόμενο (πελάτη ή συνεργάτη-προμηθευτή).